കേരള സർവകലാശാലയിൽ അഫിലിയേറ്റ് ചെയ്തിട്ടുള്ള ഈ എയ്ഡഡ് കോളേജ് 1964 ൽ ആണ് ആരംഭിച്ചത്. മലങ്കര സുറിയാനി കത്തോലിക്കാ സഭയുടെ തിരുനവനന്തപുരം മേജർ അതിരൂപത നിയന്ത്രിക്കുന്ന മലയോര മേഖലയിൽ സ്ഥിതി ചെയ്യുന്ന സ്ഥാപനമാണിത്. യൂണിവേഴ്സിറ്റി ഗ്രാന്റ് കമ്മീഷൻ 2(f) & 12(B) സ്കീം പ്രകാരം 1971 ൽ അംഗീകാരം ലഭിച്ചിട്ടുണ്ട്. നിലവിൽ 11 ബിരുദ കോഴ്സുസുകളും 4 ബിരുദാന്തര ബിരുദ കോഴ്സുകളും 2 ഗവേഷണ കോഴ്സുകളുമുണ്ട്. 1400 വിദ്യാർത്ഥികളും 90 അധ്യാപക അനധ്യാപകരുമുണ്ട്. പ്രതിബദ്ധതയുള്ള മാനേജ്‌മെന്റ്, അർപ്പണബോധമുള്ള ജീവനക്കാർ, ആത്മാർത്ഥതയുള്ള വിദ്യാർത്ഥികൾ, വൈ-ഫൈ ക്യാമ്പസ് ഉൾപ്പെടെയുള്ള മികച്ച അടിസ്ഥാന സൗകര്യങ്ങളും ഹരിത പരിസ്ഥിതിയും, എല്ലാം കോളേജിന്റെ വികസനത്തിന് കാര്യമായ സംഭാവന നൽകുന്നു. ഇത് 59 വർഷകാലയളവിൽ വിവിധ അക്കാദമികവുമായ നാഴികക്കല്ലുകളിൽ എത്തിക്കുവാനും, ഉന്നത വിദ്യാഭ്യാസ മേഖലയിലെ ഒരു പ്രമുഖ സ്ഥാപനമായി ഉയർത്തുവാനും സഹായിച്ചു.

സ്ഥാപനത്തിലെ വിശാലമായ ഒരു ലൈബ്രറിയിൽ റഫറൻസ് പുസ്തകങ്ങൾ, അക്കാദമിക് പുസ്തകങ്ങൾ, നോവലുകൾ, മാസികകൾ, ജേണലുകൾ എന്നിവയുടെ ശ്രദ്ധേയമായ ശേഖരവും അച്ചടിച്ച കൃതികൾ കൂടാതെ, നിരവധി ജേണലുകളുടെ സബ്‌സ്‌ക്രിപ്‌ഷനോടുകൂടിയ ഒരു ഓൺലൈൻ ഡാറ്റാബേസും വിദ്യാർത്ഥികൾക്കും ഫാക്കൽറ്റികൾക്കും INFLIBNET ആക്‌സസ് ചെയ്യുന്നതിനായി നൽകിയിട്ടുണ്ട്. ഡിപ്പാർട്ട്മെന്റ് തിരിച്ചുള്ള സ്മാർട് ക്ലാസ് റൂമുകൾക്ക് പുറമേ, ഒരു ഓഡിയോ വിഷ്വൽ തിയേറ്ററും സജ്ജീകരിച്ചിട്ടുണ്ട്, ഇവിടെ വിദ്യാർത്ഥികൾക്കായി ശിൽപശാലകൾ, സെമിനാറുകൾ, പാനൽ ചർച്ചകൾ എന്നിവ നടത്തുന്നു. വിദ്യാർത്ഥികൾക്ക് നൂതനമായും ശാസ്ത്രീയവും അക്കാദമികവുമായ ഇൻപുട്ട് നൽകുന്നതിനായി, ഒരു ICT- സംയോജിത ക്ലാസ്റൂം സ്ഥാപിച്ചിട്ടുണ്ട്. പിജി ഡിപ്പാർട്ട്‌മെന്റ് ഓഫ് എൻവയോൺമെന്റൽ സയൻസ് വാട്ടർ ക്വാളിറ്റി ടെസ്റ്റിംഗ് ലാബ് ഉൾപ്പെടെ നിരവധി സൗകര്യങ്ങൾ നൽകുന്നുണ്ട്. കാര്യക്ഷമമായി പ്രവർത്തിക്കുന്ന ഒരു മഴവെള്ള സംഭരണ ​​സംഭരണിയിൽ, ദൈനംദിന ആവശ്യങ്ങൾക്കായി വെള്ളം സംഭരിക്കുന്നു. സയൻസ് ഡിപ്പാർട്ട്‌മെന്റിന്റെ പ്രായോഗിക ലബോറട്ടറികൾ, ഉയർന്ന അക്കാദമിക് നിലവാരം പുലർത്തുന്നതിനായി ആധുനിക ഉപകരണങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് പതിവായി നവീകരിക്കുന്നു. ഉന്നതവിദ്യാഭ്യാസത്തിന്റെ വിശിഷ്ട കേന്ദ്രമെന്ന നിലയിൽ വാഴ്ത്തപ്പെട്ട സെന്റ് ജോൺസ് കോളേജ് സമൂഹത്തിലെ പാർശ്വവത്കരിക്കപ്പെട്ടവരും പിന്നോക്കം നിൽക്കുന്നവരുമായ വിഭാഗങ്ങൾക്ക് മൂല്യവർധിത ഗുണനിലവാരമുള്ള വിദ്യാഭ്യാസം നൽകിക്കൊണ്ട് സമൂഹത്തിന്റെ പരിവർത്തനത്തിലും നിർണായക പങ്ക് വഹിക്കുന്നു. സാമൂഹികമായും സാമ്പത്തികമായും വിദ്യാഭ്യാസപരമായും പിന്നാക്കം നിൽക്കുന്ന വിഭാഗത്തിൽപ്പെട്ട പ്രദേശത്തെ ഗ്രാമീണർക്കാണ് കോളേജ് ഊന്നൽ നൽകിയത്. അറിവും പുത്തൻ ഉൾക്കാഴ്ചകളും കൊണ്ട് തലമുറകളെ പ്രബുദ്ധരാക്കുകയും അങ്ങനെ അജ്ഞത, ദാരിദ്ര്യം, തിന്മകൾ എന്നിവ ഇല്ലാതാക്കുകയും ചെയ്തുകൊണ്ട് സെന്റ് ജോൺസ് കോളേജ് വിദ്യാഭ്യാസ രംഗത്ത് തനതായ ഒരു ഐഡന്റിറ്റി നേടി. ആധുനിക ജീവിതത്തിന്റെ മാനദണ്ഡങ്ങൾക്കൊപ്പം ഒരു ഗ്രാമീണ പർവതപ്രദേശത്തെ വ്യക്തിയെയും സമൂഹത്തെയും ശാക്തീകരിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. 2015-ൽ കോളേജിന് NAAC 'എ' ഗ്രേഡോടെ വീണ്ടും അംഗീകാരം ലഭിച്ചു. ശാസ്ത്ര സാങ്കേതിക മന്ത്രാലയത്തിന് കീഴിലുള്ള ബയോടെക്‌നോളജി വകുപ്പിന്റെ സ്റ്റാർ കോളേജ് സ്കീം, ശാസ്ത്രാധ്യാപനം മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നതിനായി ബിരുദ വിദ്യാഭ്യാസം നൽകുന്ന കോളേജുകളെ പിന്തുണയ്ക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു പദ്ധതിയാണ്. 2016-ൽ സ്റ്റാർ കോളേജ് സ്കീമിന് കീഴിൽ സെന്റ് ജോൺസ് കോളേജിനെ ഡിപ്പാർട്ട്‌മെന്റും ആന്റ് മിനിസ്റ്ററി അംഗീകരിച്ചു. ശാസ്ത്ര സാങ്കേതിക മന്ത്രാലയത്തിന്റെ ഫണ്ട് ഫോർ ഇംപ്രൂവ്‌മെന്റ് ഓഫ് സയൻസ് ആൻഡ് ടെക്‌നോളജി ഇൻഫ്രാസ്ട്രക്ചർ (എഫ്‌.ഐ.എസ്‌.ടി) രാജ്യത്തെ ശാസ്ത്ര സാങ്കേതിക അടിസ്ഥാന സൗകര്യങ്ങൾ പുനർനിർമ്മിക്കുന്നതിന് മതിയായ ഫണ്ട് നൽകി. എസ് ആന്റ് ടി അടിസ്ഥാന സൗകര്യങ്ങളെ ശക്തിപ്പെടുത്തുന്നതിന് സർവകലാശാലകളെയും കോളേജുകളെയും പിന്തുണയ്തക്കുന്നുണ്ട്. 2016-ൽ DST-FIST പ്രോഗ്രാമിന് കീഴിൽ സെന്റ് ജോൺസ് കോളേജിനെ മന്ത്രാലയം അംഗീകരിച്ചു. നാക് 'എ' ഗ്രേഡ് റീ-അക്രഡിറ്റേഷനും സ്റ്റാർ കോളേജ് അംഗീകാരവും ലഭിച്ച ഉടൻ തന്നെ സെന്റ് ജോൺസ് കോളേജിന്റെ കിരീടം അലങ്കരിക്കുന്ന മറ്റൊരു പൊൻ തൂവലാണിത്.